Aucun cas de COVID-19 dû à un contact avec les fèces d'une personne infectée n'a été signalé et l'OMS déclare que le risque de transmission oro-fécale de la COVID-19 est faible. La prévention de la transmission des gouttelettes respiratoires entre personnes et par les surfaces reste la priorité. Cependant, les déchets humains sont dangereux et peuvent contenir de nombreux agents pathogènes. Il faut donc les gérer en toute sécurité, ceci à tous les niveaux.

La transmission par les fèces peut se produire si la personne est porteuse du virus de la COVID-19 (SARS-CoV-2). D'autres facteurs influencent la probabilité de transmission oro-fécale, notamment la résistance du virus dans l'environnement, la concentration de virus infectieux dans les fèces et le risque infectieux.

Avec la transmission oro-fécale, la maladie est transmise par les fèces d'un individu infecté à la bouche d'un individu sensible. Cette transmission peut se produire tout au long du réseau d'assainissement si les systèmes d'assainissement sont défaillants (toilettes, confinement, transport, traitement, utilisation finale et mise en décharge), entraînant une exposition par diverses voies, notamment les aliments, l'eau, les mains, les mouches, les objets statiques ou les surfaces, comme dans l'illustration ci-dessous :

La transmission oro-fécale peut être interrompue en intervenant sur l'eau, l'hygiène et l'assainissement (WASH).

Une plomberie défectueuse et un système de ventilation d'air mal conçu ont été considérés comme des facteurs probables de l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère de 2003. Le virus, le SARS-CoV-1, a pu entrer dans plusieurs appartements sous forme d'aérosols de fèces à cause d'une mauvaise évacuation dans les salles de bains (rapport de l'OMS). Étant donné que le SARS-COV-2 est très proche du SARS-CoV-1, il est à craindre que la COVID-19 puisse être transmise de cette façon. Les fèces pourraient également être pulvérisées ou libérées dans l'air sous forme de gouttelettes à la suite de vidange mécanisée des systèmes d'assainissement sur place ou de l'utilisation des chasses d'eau. La transmission par des aérosols de fèces est possible, mais peu probable selon les données actuelles sur la présence et la survie du SARS-CoV-2 dans les fèces.

L'OMS recommande de tirer la chasse d'eau des toilettes avec le couvercle baissé, en particulier dans les établissements traitant des patients et d'utiliser une plomberie et des systèmes de traitement des eaux usées aux normes et bien entretenus. L'installation de plomberie doit se composer d'évacuations et de vannes de refoulement dans les toilettes sur les pulvérisateurs et les robinets. Les matières fécales en aérosol ne peuvent ainsi pas pénétrer dans la plomberie ou le système de ventilation.

La résistance dans l'environnement fait référence à la durée pendant laquelle un agent pathogène, comme le SARS-CoV-2, peut survivre en dehors du corps humain. Plus il est résistant, plus il est susceptible de provoquer une infection. Le type d'environnement (par exemple, surface, eau, eaux usées) et les propriétés physiques et chimiques de l'environnement (par exemple, température, pH, humidité, exposition à la lumière du soleil) peuvent avoir des conséquences sur la résistance du virus. Les virus enveloppés comme le SARS-CoV-2 ont moins de chances de survivre dans l’environnement que les virus non enveloppés tels que le norovirus et le rotavirus.

Outre le fait que le SARS-CoV-2 est très résistant dans l'environnement, la quantité d'agents infectieux qui pénètre dans l'environnement et le nombre de virus nécessaires pour développer la maladie (dose infectieuse) peuvent avoir un impact sur une éventuelle transmission.

En général, plus il y a d'agents pathogènes dans l'environnement (par exemple lorsqu'une personne infectée éternue, tousse ou défèque), plus le risque d'exposition ou de contact avec cet agent pathogène est élevé.

Actuellement, il n'existe aucune mesure de la concentration du SARS-CoV-2 vivant et infectieux dans les fèces ou de la durée de l'excrétion. La concentration de matériel génétique du SARS-CoV-2 dans les selles peut considérablement varier selon les individus, mais aussi pendant la maladie chez un même individu. Rien ne prouve à ce jour que la concentration de matériel génétique du SARS- CoV-2 dans les selles soit influencée par la gravité de la maladie ou même, la présence des symptômes. La durée de l'excrétion du matériel génétique du SARS-CoV-2 n'a pas été clairement déterminée et pourrait aller de 3 à 5 jours avant l’apparition des symptômes pour persister entre quelques jours et plusieurs semaines après le début des symptômes (Étude 1, Étude 2, Étude 3). Les futures recherches devraient mesurer la concentration et la durée de l'excrétion du virus SARS-CoV-2 viable et infectieux dans les fèces de personnes présentant toute une série de symptômes et à divers degrés de gravité de la maladie.

Le nombre de virus nécessaires pour provoquer l'infection chez la majorité des personnes (appelé dose infectieuse) n'est pas connu pour le SARS-CoV-2. En général, plus la dose infectieuse est faible, plus le risque de transmission est élevé. Cette section sera mise à jour au fur et à mesure des recherches sur les modes d'excrétion dans les selles et sur la dose infectieuse.

Plusieurs études menées dans différents pays ont permis de détecter le matériel génétique du SARS-CoV-2 dans les fèces de personnes atteintes de COVID-19 (Étude 1, Étude 2, Étude 3, Étude 4, Étude 5). Le matériel génétique du SARS-CoV-2 a été détecté dans les selles de patients atteints de COVID-19 avec ou sans symptômes gastro-intestinaux (Étude 1, Étude 2, Étude 3, Étude 4) et chez des personnes guéries qui ne présentent plus de symptômes (Étude 1, Étude 2, Étude 3).

Cependant, la présence du matériel génétique du SARS-CoV-2 dans les selles n'indique pas nécessairement une infection ou une maladie. Quelques études visant à détecter un virus infectieux viable dans les selles ont donné des résultats mitigés. Trois études ont signalé la détection d'un virus vivant (Étude 1, Étude 2, Étude 3) dans les selles et une autre n'a signalé aucune détection de virus vivant malgré la détection du matériel génétique du SARS-CoV-2 (Étude 3). Quelques données montrent que le virus pourrait être inactivé en raison des conditions difficiles présentes dans le côlon humain. Consultez cette ressource pour des explications sur la manière de détecter le virus dans les échantillons de selles, cette ressource pour savoir pourquoi un virus respiratoire peut être détecté dans les fèces, et cette ressource pour comprendre le risque de transmission oro-fécale de la COVID-19.

La COVID-19 est causée par le virus SARS-CoV-2 qui peut être détecté dans les fèces. Les méthodes de détection actuelles s'appuient essentiellement sur des techniques moléculaires permettant d'identifier le matériel génétique unique du SARS-CoV-2. Le matériel génétique peut être détecté à la fois dans les virus viables ("vivants") et non viables ou inactifs ("tués"), de sorte que sa détection ne signifie pas que l'individu est nécessairement infecté ou que les fèces sont contaminées.

Il est possible de détecter les virus en utilisant des techniques de culture, qui donnent des informations sur la viabilité du virus. Ces méthodes restent cependant plus difficiles, en particulier pour le SARS-CoV-2, et prennent plus de temps que la plupart des techniques moléculaires, ce qui explique pourquoi elles sont moins fréquemment utilisées.

Des recherches sont en cours pour développer et tester les méthodes de surveillance du matériel génétique du SARS-CoV-2 dans les eaux usées et les boues de vidange. Contrairement à la surveillance basée sur les cas, qui ne détecte généralement que les cas symptomatiques de COVID-19, la surveillance des eaux usées et des boues permettrait de détecter le SARS-CoV-2 provenant à la fois de cas symptomatiques et asymptomatiques. Elle donne la possibilité d'estimer la fréquence de la maladie dans les communautés, de prédire une flambée du virus ou une seconde vague à venir, d'identifier les zones où le dépistage individuel est insuffisant, mais également de contrôler l’acceptation des vaccins. Des techniques similaires ont été utilisées dans les initiatives mondiales d’éradication de la polio. Toutefois, des recherches complémentaires sur la méthodologie (échantillonnage, techniques d’analyse, modélisation) et sur l’interprétation des données doivent encore être menées avant de pouvoir utiliser cette approche dans les stratégies de santé publique. Cette approche est un complément et ne constitue pas une alternative aux tests chez l'homme, qui conservent toute leur importance. Pour de plus amples informations sur la surveillance environnementale du SARS-CoV-2 dans les eaux usées, veuillez consulter le rapport technique de l’OMS.

Beaucoup d'infections respiratoires virales (ex. le syndrome respiratoire aigu sévère [SRAS], le syndrome respiratoire du Moyen-Orient [SRMO], la grippe, l'adénovirus ) sont détectables dans les fèces étant donné qu'il s'agit de virus causant une infection dans le système gastro-intestinal. Le virus peut être présent dans les sécrétions nasales ou respiratoires (si elles sont infectées) de la personne ou de celles d'une personne infectée, puis ensuite avalé. Il peut également se trouver dans du matériel provenant d'environnements contaminés, comme de la nourriture ou de l'eau.

Il n'existe actuellement aucune preuve concluante de l'existence d'une infection du système gastro-intestinal par le SARS-CoV-2. Plusieurs études ont prouvé que l'infection du système gastro-intestinal reste possible (Étude 1, Étude 2, Étude 3). Une étude a détecté du matériel génétique du SARS-CoV-2 dans des échantillons provenant de l’œsophage, de l’intestin, du duodénum et du rectum de deux malades de la COVID-19 gravement atteints. Des rapports sur les symptômes du système gastro-intestinal des patients malades de la COVID-19 suggèrent que le virus peut infecter le système gastro-intestinal. Quelques données montrent que le SARS-CoV-2 pourrait ne pas survivre en raison des conditions difficiles présentes dans l’appareil gastro-intestinal (notamment dans le côlon), ce qui expliquerait pourquoi peu d’études ont détecté le virus infectieux dans les fèces. D'autres preuves sont nécessaires pour confirmer si et dans quelle mesure la COVID-19 est transmise par voie oro-fécale. Cependant, même si la transmission oro-fécale est possible, son importance relative en tant que voie de transmission est probablement limitée par rapport à la transmission d'homme à homme par les gouttelettes respiratoires et le contact des surfaces.

Les directives en matière d'assainissement et de santé de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) doivent toujours être respectées. À l'heure actuelle, aucune mesure supplémentaire spécifique à la COVID-19 n'est recommandée par l'OMS, les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies aux États-Unis (CDC) ou l'Administration chargée de la santé et de la sécurité dans le cadre du travail (OSHA). Alors que le matériel génétique du SARS-CoV-2 a été largement détecté dans des eaux usées non traitées, il n'existe que peu de signalements de détection du SARS-CoV-2 dans des eaux usées partiellement traitées et dans des eaux réceptrices affectées par des eaux usées non traitées ou partiellement traitées. Aucun cas de transmission du SARS-CoV-2 par des eaux usées, traitées ou non, n’a été signalé.

Avec des stations de traitement des eaux usées (WWPT) bien conçues et fonctionnant correctement et des systèmes d'assainissement sur place dotés d'une évacuation fiable in situ ou d'un réseau de vidange et d'évacuation vers une station d'épuration des boues de vidange, le risque posé par les agents pathogènes fécaux, y compris le SARS-CoV-2, devrait être limité. Pour plus de précautions, les stations WWPT pourraient envisager d'ajouter une étape de désinfection finale (souvent appelée traitement tertiaire) pour réduire encore plus le risque posé par les agents pathogènes viraux, comme le SARS-CoV-2 avant le déversement. La désinfection au chlore des eaux usées inactive efficacement le SARS-CoV-1 (virus responsable du syndrome respiratoire aigu sévère) à de faibles concentrations (0,5 mg/l de chlore résiduel libre), même si les recommandations de dosage standard doivent être respectées. La désinfection au chlore n'est pas recommandée pour les déchets contenant de grandes quantités de matières organiques solides (comme les boues ou le contenu des latrines à fosse). Elle est en effet moins efficace pour ce type de déchets. Lorsqu'il n'existe pas de station WWPT, les bassins de lagunage des déchets correctement gérés constituent une solution de traitement simple qui peut réduire efficacement la charge en agents pathogènes. Le traitement des eaux usées même avec une étape finale de désinfection, peut ne pas éliminer complètement les virus infectieux des effluents ou des boues traitées. Il est donc important d'éliminer les déchets en toute sécurité.

Pour de plus amples informations sur les conditions particulières pour les travailleurs du secteur de l’assainissement, veuillez consulter la ressource "Mesures préventives que les travailleurs de l'assainissement doivent adopter pour lutter contre la COVID-19".

Le SARS-CoV-2 n'a pas été détecté dans les sources d'eau de boisson et il n'existe actuellement aucune preuve suggérant une transmission de la COVID-19 ou d'autres coronavirus similaires par l'eau. Du matériel génétique du SARS-CoV-2 a été détecté dans des eaux de surface qui reçoivent des eaux usées non traitées ou partiellement traitées, ou qui sont affectées par des débordements d’égouts dans des réseaux unitaires d’assainissement (Étude 1, Étude 2). On pense que les techniques traditionnelles de traitement des eaux usées et de l’eau devraient être efficaces pour lutter contre le SARS-CoV-2. Les centres pour le contrôle et la prévention des maladies des États-Unis considèrent actuellement que le risque de transmission de la COVID-19 par l'eau est faible. À l'heure actuelle, il convient de suivre les recommandations standard en ce qui concerne l'aspect sanitaire de l'eau et aucune précaution supplémentaire concernant la COVID-19 n'est recommandée par l'OMS ou d'autres organisations.organisations.

Les systèmes centralisés traditionnels de traitement de l'eau qui prévoient des étapes de filtration et de désinfection doivent être en mesure d'éliminer efficacement le SARS-CoV-2, ou de le rendre inactif. Les processus de traitement de l’eau utilisant la désinfection par UV et au chlore sont efficaces contre le SARS-CoV-1 (Étude 1, Étude 2). Les systèmes centralisés utilisant la désinfection au chlore doivent garantir une teneur de chlore résiduel libre d'au moins 0,5 mg/L après 30 minutes de contact et avec un pH <8,0. Le niveau de chlore résiduel doit être maintenu tout au long du système de distribution, qu’il s’agisse de canalisations ou d’un autre système de distribution comme les camions-citernes. Si ces systèmes ne sont pas disponibles, le traitement d’eau à domicile (TED) associé à un stockage sécurisé de l'eau peut garantir la qualité de l'eau de boisson stockée par les familles. Les options de traitement de l'eau à domicile comprennent l'ébullition, la chloration, les technologies d'ultra ou de nanofiltration et l'exposition solaire ou aux UV. Les traitements par chloration et irradiation sont moins efficaces dans les eaux troubles contenant des matières organiques (sol, autres particules) et doivent être utilisés en combinaison avec des technologies qui réduisent d'abord la turbidité (filtration et coagulation/floculation), ou doivent tenir compte de la turbidité lors du dosage. Toutes les technologies de filtration, comme les filtres à pot céramique, ne sont pas nécessairement efficaces pour éliminer les virus de l'eau. Il faut donc ajouter des options de traitement supplémentaires comme la désinfection au chlore ou l'irradiation aux filtres à pot en céramique ou aux filtres biosables. Avant de proposer une technologie CTED spécifique, vérifiez si possible qu'elle a prouvé son efficacité contre une série de virus, y compris les coronavirus humains. L'OMS a évalué de nombreuses options de traitement des eaux usées et donne dans ce rapport un aperçu de leurs résultats contre différents types d'agents pathogènes. Les avantages et les inconvénients des différentes technologies sont également résumés sur le site Web des CDC.

Il est essentiel que l'accès à l'approvisionnement en eau potable soit fiable pour l'hygiène et les travaux de nettoyage. Le Manuel SPHERE recommande au moins 15 litres par personne et par jour pour la boisson et l'hygiène domestique. Ce résumé donne une estimation des volumes d'eau nécessaires pour les utilisations non domestiques dans les situations d'urgence (par exemple, 100 litres pour un patient atteint du SRAS et en salle d'isolement). Une seule séance de lavage des mains peut nécessiter entre 0,2 et 2 litres d’eau, et certaines données suggèrent que des volumes plus importants sont associés à une meilleure éradication des virus.

Dans les endroits où il n'existe pas d'approvisionnement en eau fiable et sécurisé, des mesures doivent être prises pour améliorer l'accès. La mobilisation de camions-citernes et la construction de nouveaux forages protégés sont des solutions à court terme, voire immédiates. Si possible, l'extension des réseaux de distribution d'eau existants peut contribuer à améliorer l'accès.

En raison de la pandémie, de nombreux bâtiments ont été temporairement fermés pour une période allant de quelques semaines à quelques mois, ce qui a provoqué la stagnation de l'eau non utilisée dans les conduites de distribution. La qualité chimique et microbienne de cette eau peut se détériorer avec le temps. Avant l'ouverture, chaque bâtiment doit s'assurer que son réseau d'eau a été entièrement purgé et rempli d'eau fraîche. Les réseaux d'eau chaude doivent être maintenus à 60°C ou plus (température de circulation de 50°C) et les réseaux d'eau froide à 25°C ou moins pour limiter les risques microbiens. Il faudra peut-être traiter l'eau stockée sur place pendant la fermeture des bâtiments avant de l’utiliser à nouveau. L'analyse de l'eau avant la réoccupation du bâtiment contribue à garantir qu'elle est saine et conforme à toutes les réglementations nationales sur la qualité de l'eau.

Les travailleurs impliqués dans la distribution et le traitement de l'eau ou chargés d'améliorer l'accès à l'eau doivent être considérés comme indispensables et autorisés à poursuivre leur travail même en cas de restrictions de déplacement. Ils doivent continuer à respecter les précautions de sécurité standard, notamment le port d'un équipement de protection individuelle approprié et suivre une formation sur les mesures générales de prévention de la COVID-19 concernant l’utilisation du masque, la distanciation physique et l’hygiène fréquente des mains. Pour éviter de contaminer leurs collègues, les travailleurs doivent être encouragés à rester chez eux si eux-mêmes ou un membre de leur foyer sont malades. En raison du faible risque de transmission par l’eau, aucune mesure de sécurité supplémentaire liée à la COVID-19 n'est nécessaire. L'accès à l'eau étant essentiel, il faut que les installations et les usines de traitement envisagent de mettre en place des plans d'urgence pour que les services d'eau ne soient pas interrompus. Cela veut dire avoir suffisant de personnel formé pour exploiter et entretenir les installations, les réseaux de distribution et autres infrastructures, maintenir un stock de fournitures nécessaires (pour le traitement de l'eau, la surveillance de la qualité de l'eau et l'entretien des infrastructures) et veiller à ce que toute interruption des réseaux d'approvisionnement puisse être rapidement résolue.

Rédigé par : Jackie Knee
Vérifié par : Tom Heath, Robert Dreibelbis, Oliver Cumming, Karin Gallandat, Kate Medlicott
Article mis à jour le : 13/08/2020